Moleculen 'editen' en berekenen


De 'links' hieronder geven toegang tot een web pagina waarin het mogelijk is een structuur aan te passen (met name substituenten in te voeren) en vervolgens te onderwerpen aan een berekening. Dit komt in de meeste gevallen neer op het bepalen van de energetisch gunstigste conformatie, en soms op een berekening van de energie als functie van een verandering in de geometrie.
Het resultaat verschijnt na korte tijd in de vorm van een nieuwe web pagina.

Het editen gaat als volgt.
Klik op een H-atoom dat vervangen gaat worden en selecteer een substituent uit het drop-down menuutje. Met een klik op de "Changez!" button wordt de substitutie uitgevoerd.
Naast de gangbare substituenten bevat het menu ook een "dummy"-atoom, XX, wat gelijk staat aan het "deleten" van een atoom.
Met enige handigheid is het zo mogelijk een dubbele binding te creëren, of aan te sturen op een nieuwe binding (na de berekening) door twee nabijgelegen H's te vervangen door XX.

De editor maakt gebruik van de Java applet Jmol.

De Suggesties-links verwijzen naar pagina's met enkele voorbeelden van berekeningen die uitgevoerd kunnen worden. Deze verschijnen in een apart venster dat naast de edit-sessie gehouden kan worden.

Onderwerp & Link naar editor Suggesties
Draaien om een koolstof-koolstof-binding Enkele substituenten
in stappen van 30°(sneller)
in stappen van 10°(nauwkeuriger)
Poging tot rotatie om dubbele binding Opties
in etheen, over 180°
Rotatie om -NH-CO- binding Conjugatie
in een amide, over 180°
Eenvoudige moleculen om verder uit te bouwen. Berekeningen geven de optimale structuur, de bijbehorende vormingswarmte en buttons om de geometrie te 'meten'.
methaan Uitgangsstof voor al dan niet gesubstitueerde alkanen
etheen orbitalen in onverzadigde verbindingen
ethyn
methanal (formaldehyde) uitgangsstof voor aldehyden, ketonen, esters etc.
alleen gecumuleerde dubbele bindingen
benzeen basis voor aromatische verbindingen
cyclohexaan axiaal/equatoriaal
norbornaan een bicyclische verbinding
Nieuw: de stereo-editor een R/S stereochemie oefening
Nieuw: een nomenclatuurtest maak de verbinding bij de naam

Aan de uitbreiding van deze lijst wordt gewerkt. Vragen en suggesties zijn welkom.
De 'universitaire' versie, onderdeel van Mol4D (in het Engels) bevat veel meer onderwerpen.


Terug naar Terug beginpagina , of gebruik de Back/Terug functie van de browser.