Moleculen in Beweging

WWW-links en andere aanvullingen op de cd-rom

Biomoleculen, vooral gebaseerd op Chime:

Koolstofchemie:

Polymeren:

Waar haal je coördinaten voor je molecuulstructuren?

Spectroscopie:

Jmol

Opmerkingen

april 2005: Pagina met molecuulmodellen
Het is gebleken dat op deze pagina, met de vele drop down menu's, het eerste molecuul in elke categorie niet geselecteerd kan worden. Dit kan wel nadat men eerst een ander molecuul uit dezelfde lijst aangeklikt heeft.
juni 2005: Nieuw: R/S stereo editor
Op de edit pagina is onderaan een verwijzing opgenomen naar een module waarin men zelf chirale moleculen kan bouwen, en kan testen of ze de R of S configuratie hebben.
In november 2005 is daar nog een naamgevingtest aan toegevoegd.
november 2005: welk molecuulmodel?
Een vraag gesteld tijdens de docentendag in Rotterdam, 9 nov.: hoe kan ik nog zien welk molecuul getoond wordt in het venster op de molecuul-modellen-pagina?
Dit is te zien door (in het Jmol molecuulvenster) op de rechtermuisknop te drukken. Daarop verschijnt een menu, met bovenin de naam van het bestand. Dat is meestal de engelse naam van de betreffende verbinding.
november 2005: molecuulmodel downloaden?
Bij dezelfde gelegenheid: hoe kan ik een structuur opslaan op mijn eigen pc, en vervolgens weergeven?
Een structuur in een Jmol-venster is toegankelijk via het menu onder de rechtermuisknop:
selecteer het bovenste item, met de naam van het structuurbestand,
selecteer in het submenu, met de rechtermuisknop, het onderste item, de naam van het bestand.
Dit kan een xyz, cml of mol bestand zijn. Als Windows geen applicatie aan dit type bestand gekoppeld heeft zal het als een tekstbestand weergegeven worden. Met knippen en plakken is het dan in Kladblok te plaatsen en op te slaan.
Na gebruik van de molecuul editor is het opslaan van het bestand nog eenvoudiger, omdat een link toegang geeft tot de bestanden als tekstfiles. Bij het opslaan zelf even de naam en de extensie aanpassen, van .txt naar bijvoorbeeld .xyz of .cml.
Om het bestand als 3D structuur weer te geven is een molecuul viewer nodig. Dat kan ook weer met Jmol, maar nu niet als applet op een web pagina, maar als zelfstandige applicatie. Deze is onderdeel van de Jmol download: download Jmol, uitpakken, dubbelklik bestand met naam Jmol, zonder extensie).
Er zijn ook andere viewers op Internet te vinden (WebLabViewer, Rasmol, etc), maar niet allemaal zullen ze cml bestanden herkennen.
maart 2006: rood-cyaan stereo weergave
De nieuwste versies van Jmol ondersteunen stereoweergave van molecuulmodellen. Zie het Jmol-menu onder de rechter-muisknop-->Render-->Stereographic.
Op onze pagina's hebben we op een aantal plaatsen knoppen opgenomen die de rood-cyaan stereoweergave oproepen. Er zijn goedkope papieren stereobrilletjes in de handel (zie bijvoorbeeld www.dewijs-3d.com onder brillen, anaglyphen) waarmee een nog ruimtelijker beeld van de modellen waar te nemen is, vooral in combinatie met een langzame rotatie om de verticale (y-)as (menu-->spin-->on)
juni 2007: editor gedeeltelijk buiten gebruik
Door misbruik is het nodig gebleken de editor anders op te zetten. Voorlopig kan er wel getekend worden, maar vervolgacties als berekeningen en dergelijke zijn niet mogelijk. We hopen voor september 2007 weer een werkende versie te hebben.
augustus 2007: editor weer in gebruik.
De editor is, met alle bovengenoemde functies, weer normaal te gebruiken.