2. The MOPAC input file

De z-matrix vormt het hart van de input file. Het wordt vorafgegaan door drie regels:

De z-matrix begint op regel nummer 4, en wordt afgesloten met een lege regel. Hierna kan nog extra informatie volgen, bij voorbeeld voor de beschrijving van de symmetrie van de structuurof een serie met waarden voor elke keer dat de -1 vlag wordt gebruikt.

Een input file met alle opties dient als voorbeeld:

 AM1 T=600 SYMMETRY
   rotatie om c-c binding
   met symmetrie
  C    0.00000000  0    0.0000000  0    0.0000000  0    0    0    0 
  C    1.51738930  1    0.0000000  0    0.0000000  0    1    0    0
  H    1.11721396  1  107.8021607  1    0.0000000  0    2    1    0
  H    1.11205843  0  111.37226    0 -122.3562469  1    1    2    3
  H    1.11783779  0  107.4581078  0  115.7104335  1    1    2    3
  H    1.11692070  0  111.0770073  0    0.0000000 -1    1    2    3
  H    1.11712199  0  111.0150133  0    0.8782819  1    2    1    4 
  H    1.11702994  0  110.9935404  0  120.0975124  1    2    1    4
  0
   3  1  4  5  6  7  8
   3  2  4  5  6  7  8

 10. 20. 30. 40. 50. 60. 70. 80. 90. 100. 110. 120. 130. 140. 150. 
 160. 170. 180. 
Slechts drie keywords zijn aanwezig:
AM1 is de geselecteerde reken methode
Andere methoden zijn PM3 en MNDO

T=600 vertelt MOPAC dat de berekening binnen 600 seconden moet zijn afgelopen,

SYMMETRY geeft aan dat een symmetrie statement na de z-matrix wordt verwacht.
Het format van deze statement is: referentie_atom symm_functie affecteerd_atoms.
Functie 1 is de bindings afstand. De warrde voor H3 wordt doorgegeven naar alle andere waterstoffen.
Functie 2 is de bindings hoek, welke ook gelijk wordt gemaakt voor alle waterstoffen. De afgeleide parameters krijgen de '0' vlag.
Een lege regel sluit de symmetrie sectie af. Hierna volgt een sectie met voor elke '-1' vlag in de z-matrix, bijvoorbeeld de torsie hoek 6-1-2-3, een serie met waarden waarvoor de energie moet worden uitgerekend (terwijl alle andere variabelen moeten worden geoptimaliseerd).

Dit resulteerd in 19 berekeningen, waarbij de torsie hoek steeds met 10 graden toeneemt, van 0 tot 180 graden.
De web-to-mopac interface die we gebruiken in deze cursus, zal de numerieke data terug geven, alsmede een geanimeerde 3D structuur, en een plot van de energie versus de torsie hoek.
Delaatste kan vergeleken worden met de grafieken uit de leerboeken, zoals bijvoorbeeld pagina's 80-85 in Morrison&Boyd.


Dit is een zeer korte beschrijving van de MOPAC input file. Meer informatie kan gevonden worden in een overzicht van keywords, welke bijvoorbeeld een lijst geeft van alle symmetrie functies oner het keyword symmetry.