3. mopac berekeningen doen en het bekijken van de resultaten

edit de
structuur of file,
mocht dit nodig zijn
Deze tutorials hebben een ingebouwde functionaliteit om mopac berekeningen te starten vanuit een web pagina.
In het algemeen wordt dit gedaan vanaf een pagina die zowel de structuur als de corresponderende input file bevat. Beide kunnen worden ge-edit.
Door op een waterstof (of halogeen) atoom te klikken, kan deze vervangen worden door een aantal substituenten, welek vanuit een klein menu geselecteerd kunnen worden. Kilk de "change it" button om de substitutie te maken. Atomen verwijderen kan via een omweg: Ze kunnen vervangen worden door dummy atomen (XX), hetgeen ze onzichtbaar maakt voor mopac.
start de
batch job
Een meer ervaren gebruiker, kan rechtstreeks de input file editen. Als je tevreden bent met de structuur, klik de "calculate" button om de berekening te starten. Vervolgens,
resultaat
files
De resultaten van de berekening worden opgeslagen in een tijdelijke directory, waarvan de inhoud wordt getoond en elke 10 seconden wordt ververst.
Nadat de .tmp file verdwijnt, zouden er een aantal files aanwezig moeten zijn, waarvan de .out file en de .arc file de belangrijkste zijn. Deze worden gebruikt door het script dat de nieuwe pagina met resultaten maakt.
afgeleide
files,
structuren,
energie
plot.
De .arc file wordt ook gecopieerd naar een .moo file. Deze file uitgang is verbonden met het MIME type chemical/x-mopac-out, welke kunnen gebruikt worden om een hulp programma op te starten (b.v. Molden).
Uit de .out file worden de cartesische coordinaten geextraheerd en opgeslagen in .xyz files. Deze worden getoond met behulp van de Jmol applet te samen met een enegrie versus reactie coordinaat plot.
orbitalen
tonen,
in
MOLDEN
of in een
VRML
viewer.
Om orbitalen te tonen moeten de extra keywords GRAPH en VECTORS toegevoegd worden aan de mopac input file. Het klikken van de corresponderende button op de edit pagina voegd deze keywords toe.
Het keyword VECTORS zorgt ervoor dat mopac de coefficienten van 16 MO's (rond de HOMO) print in de .out file.

In enkele gevallen kan een beter inzicht verkregen worden door de MO's in 3D te bekijken, bij voorbeeld als VRML files. Hiervoor moet MOPAC een graphics file creeren, met de uitgang .gpt (dit is een onleesbare, binaire file). Het keyword GRAPH zorgt ervoor dat de file aangemaakt wordt. Het visualisatie programma MOLDEN leest deze .gpt file en toont de orbitalen op een aantal manieren. Daarnaast kan het ook VRML files van orbitalen produceren Het visualisatie programma MOLDEN leest deze .gpt file en toont de orbitalen op een aantal manieren. Daarnaast kan het ook VRML files van orbitalen produceren. Molden biedt een web service, die VRML2 files creert klaar op door uw browser te worden weergegeven (gebruik Cortona als plugin).
Deze optie wordt automatisch aangeboden als het keyword GRAPH aanwezig is. Voorbeelden kunnen gevonden worden op de Diels-Alder pagina's.