Mol4D

Moleculen in vier dimensies

is een educationele web site voor algemene organische chemie.
Voor achtergrond informatie, zie rechts; voor inhoud, zie onder.

Mol4D verondersteldt dat Java is geinstalleerd.

B
a
c
k
g
r
o
u
n
d
Is dit voor mij, en waarom?
Ja, als je onderwijs geeft in / student bent van, organische chemie
Welke onderwerpen worden behandeld?
Een selectie van onderwerpen uit het tekstboek
Bent U een leraar of tutor?
Geef alstublieft commentaar
Wat is de vereiste voorkennis?
Niets. Maar er is wel iets over MOPAC input files
Welke software software heb ik nodig?
Informatie over Jmol en browsers
B
a
c
k
g
r
o
u
n
d

Mol4D bestaat uit twee onderdelen:

tutorials
editor

Een groot aantal onderwerpen uit het organisch chemische curriculum, te gebruiken naast een tekstboek.

Ga naar dit menu!

Deze modules maken gebruik van
¤ Simpele 3D structuren, draaibaar met de muis
Voorbeelden: Stereochemie, Voedings chemie

¤ Animaties van conformationele veranderingen,
sommige met interactieve energie plot
Voorbeelden: Rotatie in alkanen, cyclohexaan stoel-stoel conversie, de relatie tussen open en gesloten glucose structuren

¤ Animaties van reacties, met bedienings knoppen
Voorbeelden: Diels-Alder reacties, esterificatie, additie aan dubbele bindingen, etc.

¤ Orbitaal plaatjes (VRML)
Bij voorbeeld in de Diels-Alder reacties

Deze tutorials voegen een 3D aspect toe aan de moleculaire modellen, en zelfs een 4D aspect als we animaties beschouwen (tijd is de extra dimensie).

De meeste modules bevatten multiple choice vragen met feedback, terwijl anderen afsluiten met een quiz, de antwoorden worden ge-emailed.

Interactieve web chemie!
Een molecuul editor om je eigen moleculen mee te bouwen, maak je eigen animaties van reacties!

Ga naar de editor pagina!

De editor stelt je in staat om

¤ moleculen te bouwen, uitgaande van een aantal basis structuren
Vervang waterstoffen door functionele groepen vanuit een menu, minimimaliseer de energie, en bekijk het resultaat.

¤ Vraag om optionele orbitaal figuren
De figuren worden gemaakt in VRML formaat.

¤ Voer een conformationele analyse uit:
Definieer bindingen om langs te roteren, resulterend in geanimeerde structuren en een interactieve energie plot.
Een of twee bindingen kunnen geselecteerd worden, resulterend in een lineaire plot of een grid.

¤ Modelleer reacties
Definieer bindingen om toe te nemen in lengte,
Of twee, om een twee-dimensionale energie plot te verkrijgen.

¤ Verfijn de overgangs toestand in zo'n plot
En vervolgens CARP: Bereken en Animeer een geheel Reactie Pad: reactanten --> overgangs toestand --> product.
Beschikbaar op een afzonderlijke CARP pagina, een gezamenlijke inspanning van het CMBI/Radboud Universiteit Nijmegen en de Organisch Scheikunde groep aan de Universiteit van Paderborn.
Commentaar? Vragen?
Email ons!
Commentaar? Vragen?

Mol4D is een Wetche initiatief van het CMBI, het Centrum voor Moleculaire en Biomoleculaire Informatica, welke deel uitmaakt van de Faculteit van Wiskunde en Natuurkunde van de Radboud Universiteit Nijmegen, Nederland.

Mol4D was een van de winnaars van de EASA 2004 competitie.

Er is een VWO versie in het Nederlands

To installation instructions and ftp site